Rei Ayanami es un misterio para Shinji, quien lucha para poder comunicarse con ella; sin embargo, poco a poco se percata de que comparten emociones muy similares. Finalmente, la necesidad de acabar con un ángel hace que ambos se entiendan mejor y encuentren solaz en el otro. Poco después, Asuka, una chica genio, llega a Japón para pilotar el EVA 02. Si bien se comporta como una dama ante los altos mandos, con Shinji saca a relucir un pésimo carácter, lo cual imposibilita que trabajen en equipo, y lo peor es que deben coordinarse a la perfección para derrotar a un ángel que posee capacidad de duplicarse. ¿Lo lograrán?